종합부동산세는 매년 12월 1일부터 15일까지 주소지(본점) 관할세무서에 자진신고·납부시 산출세액의 3%를 세액공제받을 수 있다.

종합부동산세를 신고할 때에는 종합부동산세 신고서, 종합부동산세 과세표준 계산명세서(과세표준 계산서와 과세대상물건 명세서), 세부담 상한적용 신청서, 임대주택 합산배제 신청서 및 기타주택 합산배제 신청서를 함께 제출하여야 한다.

위 기한내에 신고·납부를 하지 않으면 신고하지 않은 산출세액 또는 부족세액의 20%에 해당하는 신고불성실가산세와, 무납부세액 또는 미납부세액에 납부기한 경과일수 1일당 0.03%의 이자율(연 10.95%)을 적용한 금액인 납부불성실가산세를 추가로 부담하여야 한다(다만, 신고불성실가산세와 납부불성실가산세는 2007년도분까지 부과를 유예한다).

납부하여야 할 종합부동산세가 1천만원을 초과할 경우 종합부동산세 과세대상인 주택 및 토지 중에서 관리·처분이 가능한 재산의 공시가격을 기준으로 물납(조세를 현금납부가 아닌 물건으로 납부하는 것)을 할 수 있으며, 납부하여야 할 세액이 1천만원을 초과하는 경우 1천만원 초과금액 또는 납부하여야 할 세액이 2천만원을 초과하는 경우 그 세액의 50% 이하의 금액을 납부기한이 경과한 날부터 45일 이내에 분납할 수 있다.

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