실제로는 연간 수입금액이 4,800만원에 미달하는 소규모 사업자에 해당하지 않으면서도 세금부담을 줄이기 위해 간이과세자로 위장하는 것을 막기 위하여, 사업의 종류·규모·사업장 소재지 등을 감안하여 정부에서 정한 것이 간이과세 배제기준이다.

사업자가 이 기준에 해당되면 간이과세자로는 등록을 할 수 없고 일반과세자로 등록해야 한다.

특히 2005년부터는 일반과세자가 적용되는 사업장을 보유하고 있는 사업자는 다른 사업장에 대하여 간이과세 적용이 배제(개인택시, 용달차, 미용업 등 제외)됨에 따라 기존의 간이과세자 사업장은 일반과세자로 전환되며 신규 사업장인 경우에도 간이과세를 적용받을 수 없다.

간이과세가 배제되는 업종은 광업, 제조업, 도매업(소매업 함께 영위하는 경우도 포함), 변호사 등 전문직 사업자 등이 있다.

또 사업장 소재 지역, 사업의 종류, 규모 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하거나, 특별시 및 광역시(읍·면지역 제외) 지역에 소재하는 부동산 임대사업으로 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업에 해당하거나, 특별시·광역시 및 시(광역시 및 도농복합 형태의 시지역의 읍·면지역 제외) 지역 소재 과세유흥장소와 국세청장이 업황·사업 규모 등을 고려하여 정하는 지역에 소재하는 과세유흥장소에 해당하는 경우에도 간이과세자 적용이 배제된다.

사업을 새로 시작하면서 간이과세자로 하고자 하는 경우에는 관할세무서에 위와 같은 간이과세 배제기준을 정확히 확인하고 사업을 개시하는 것이 좋다.

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